Debéis tener la máquina virtual Java 1.4 para que la aplicación funcione.
Podéis descargarla aquí.

Una vez que el JRE está instalado, deberíais poder arrancar la aplicación con un doble clic del ratón sobre el fichero jar.

A veces, Java no está bien integrado en el sistema, puede que el doble clic no funcione.
Una solución que funciona con todos los sistemas es arrancar un terminal,
ir al directorio donde está el fichero jar y poner java -jar ./HyperlinkExtractor.jar.
Con Windows, podéis arrancar la aplicación javaw.exe instalada con java.

Desgraciadamente, eso es un poco complicado.
He encontrado una aplicación libre (jsmooth) la cual permite fabricar un ejecutable para Windows, pienso utilizarla.
No teniendo Windows en mi casa, puedo fabricar el ejecutable únicamente cuando tengo acceso a un sistema Windows.

Changes	Java-HTML	Java-Swing		Java-Cocoa
	Platform-Independent	Platform-Independent	Windows	Mac Os X
Changes.txt		HyperlinkExtractor-1.1.1.jar	HyperlinkExtractor-1.1.1-Win32.zip (thanks to Johann)	HyperlinkExtractorCocoa-1.1.1.dmg
		HyperlinkExtractor-1.0.jar		HyperlinkExtractorCocoa-1.0.dmg
		HyperlinkExtractor-0.3.2.jar		HyperlinkExtractorCocoa-0.3.2.dmg
		HyperlinkExtractor-0.3.1.jar		HyperlinkExtractorCocoa-0.3.1.dmg
		HyperlinkExtractor-0.3.jar		HyperlinkExtractor-0.3.dmg
Last builds are development versions. It should work but without waranty.
	HyperlinkExtractorHTML_lastbuild.jar (1.2_rc3 - 29/02/2004)	HyperlinkExtractor_lastbuild.jar (1.2_rc3 - 29/02/2004)	HyperlinkExtractor-Win32_lastbuild.zip (1.2_rc1)	HyperlinkExtractorCocoa_lastbuild.dmg (1.2_rc3 - 29/02/2004)